图书介绍
生物信息学Perl语言基础PDF|Epub|txt|kindle电子书版本下载
- 李振秋主编 著
- 出版社： 北京：科学出版社
- ISBN：9787030576460
- 出版时间：2018
- 标注页数：236页
- 文件大小：23MB
- 文件页数：245页
- 主题词：生物信息论；Perl语言－程序设计
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图书目录
第一章 Perl语言简介1
第一节 Perl语言基本知识1
一、Perl语言历史1
二、不同操作系统下的Perl语言1
三、Perl语言的特点及其在生物信息学中的应用2
第二节 Perl语言环境的安装和Perl代码的运行4
一、安装Perl4
二、运行Perl5
三、Perl内建文档的查看6
第二章 Perl的语法与运行控制9
第一节 Perl语言的基本单位9
第二节 Perl语言数据类型及数据的书写规则12
一、直接量13
二、变量16
三、Perl语法基本规则19
第三节 用户交互与分支控制结构22
第四节 循环控制结构27
一、while循环控制结构27
二、for循环控制结构31
三、循环的嵌套32
第五节 Perl代码的调试（语法分析）36
第三章 数组和列表42
第一节 数组与列表概述43
一、数组及其元素的命名规则43
二、列表与数组的赋值44
三、数组的定义方法46
四、数组元素的增加和减少操作（pop、push、shift、unshift）46
五、其他数组和列表相关操作（＜＞、chomp、chop、reverse、sort）50
第二节 用foreach循环遍历数组51
第三节 Perl语言的上下文55
第四节 函数基本知识及map和grep函数59
一、函数基本知识59
二、利用map、grep函数更简单地处理数组60
第五节 Perl代码的调试（用print检验数据）64
第四章 正则表达式、匹配、替换和翻译68
第一节 正则表达式70
一、正则表达式的基本字符单元70
二、字符单元的特征描述71
三、正则表达式中的逻辑关系符72
四、正则表达式中的优先权和变量内插73
第二节 匹配74
一、正则表达式的匹配过程75
二、量词的贪婪模式和非贪婪模式79
三、匹配内容的捕获和匹配过程中反向引用83
第三节 替换和翻译90
一、替换90
二、翻译92
第四节 split和join函数97
第五章 自定义函数和数据输入输出101
第一节 自定义函数的定义和调用101
第二节 参数传入与返回值102
一、参数传入102
二、自定义函数返回值104
第三节 变量作用范围106
一、my107
二、our108
三、local和state109
第四节 磁盘文件数据的读取和写入112
一、创建和取消文件和文件句柄间的关联112
二、数据输出到磁盘文件115
三、磁盘文件读取和钻石操作符＜＞116
四、Perl语言的行尾符117
第六章 哈希和文件目录操作122
第一节 哈希的基本用法124
一、哈希和数组的异同124
二、哈希的定义和赋值125
第二节 哈希的相关函数127
一、keys函数和values函数127
二、each函数128
三、exists函数129
四、delete函数129
五、真假、undef和exists的关系130
六、自定义函数参数中的列表、数组和哈希131
第三节 哈希的实例134
一、DNA反向互补134
二、DNA序列翻译134
三、统计蛋白质序列氨基酸组成136
四、计算蛋白质分子量137
五、处理多列关系数据138
六、利用exists函数快速查找示例142
第四节 目录和文件相关操作144
第七章 引用与复杂数据结构149
第一节 引用与解引用152
一、变量的引用与解引用方法152
二、引用的几种应用场景154
第二节 匿名引用160
一、[]生成列表的匿名引用160
二、｛｝生成哈希的匿名引用，ref函数判断并返回引用种类161
第三节 二维数据162
一、数组的数组162
二、哈希组成的数组167
三、数组作为哈希的值167
四、哈希组成的哈希170
第四节 更复杂的结构173
第五节 格式化输出176
一、printf和sprintf命令176
二、write配合FORMAT格式化输出178
第八章 与操作系统进行交互186
第一节 调用操作系统命令186
一、exec函数执行操作系统命令187
二、system函数执行操作系统命令187
三、重音号引用执行操作系统命令188
第二节 Perl代码的命令行参数传递189
第三节 Perl的单行命令191
第九章 模块基础和CPAN介绍193
第一节 模块基本知识与使用193
一、模块相关概念193
二、模块的调用（use和require）197
第二节 模块的编写198
第三节 CPAN介绍202
第四节 Perl代码的调试（利用Dumper模块输出数据）203
第十章 BioPerl和Perl的面向对象编程205
第一节 BioPerl的安装206
一、利用CPAN来安装BioPerl206
二、下载安装包并安装BioPerl207
第二节 BioPerl的Seq和SeqIO类207
一、Seq类208
二、SeqIO类210
第三节 面向对象格式的模块编写演示216
第四节 Perl代码的调试（用调试器调试）220
一、运行控制命令222
二、断点和跟踪命令223
三、显示命令224
四、定位代码224
参考文献226
附录227
附录Ⅰ Perl操作符总结227
附录Ⅱ Perl函数230
附录Ⅲ Perl保留变量235