图书介绍
生物信息学手册 第2版PDF|Epub|txt|kindle电子书版本下载
- 郝柏林，张淑誉编著 著
- 出版社： 上海：上海科学技术出版社
- ISBN：7532367746
- 出版时间：2002
- 标注页数：299页
- 文件大小：11MB
- 文件页数：315页
- 主题词：
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生物信息学手册 第2版PDF格式电子书版下载
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图书目录
第1章 什么是生物信息学1
1.1 生物数据与生物计算2
1.2 生物信息学与生物实验4
1.3 期刊和会议5
1.4 生物信息学参考书6
第2章 计算机和互联网11
2.1 计算机和操作系统12
2.2.1 POP和OOP14
2.2 语言和软件14
2.2.2 自由软件系统17
2.3 互联网和浏览器20
2.3.1 TCP/IP和IP地址20
2.3.2 gopher服务器21
2.3.3 WWW和HTML21
2.3.4 浏览器和URL23
2.3.5 文件的下载和上载25
2.3.6 网上“搜索器”25
2.4 常见的文件类型26
2.5 文件的压缩和解压29
2.6 电子邮件30
2.7 远程计算机30
2.7.1 telnet——登录到远程计算机31
2.7.2 ftp——远程文件传送31
2.8 多种平台共存的工作环境33
第3章 生物学引论35
3.1 地球上的自然史35
3.2 生物的分类36
3.3 模式生物38
3.4 构成生物的四类分子40
3.4.1 单糖、双糖和多糖40
3.4.2 脂肪酸40
3.4.3 核苷酸和核酸41
3.4.4 氨基酸和蛋白质42
3.4.5 遗传密码44
3.5 分子生物学的中心法则46
3.5.1 DNA的复制46
3.5.2 DNA到mRNA的转录48
3.5.3 mRNA翻译为蛋白质49
3.5.4 mRNA的反转录与cDNA50
3.5.5 蛋白质的剪接51
3.5.6 蛋白质的折叠51
3.6 基因工程技术简介54
3.6.1 限制性内切酶54
3.6.2 分子克隆54
3.6.3 聚合酶链反应(PCR)56
3.6.4 超速离心、凝胶电泳和印迹法57
3.6.5 DNA测序方法58
3.7 进一步阅读书籍60
第4章 生物信息数据库61
4.1 重要生物信息中心简介61
4.1.1 国外生物信息中心61
4.1.2 国内的生物信息网点70
4.2 数据库和序列的格式72
4.2.1 数据库格式72
4.2.2 序列文件格式76
4.2.3 多序列格式77
4.2.4 其他序列格式79
4.3 数据库检索工具80
4.3.1 Entrez检索工具80
4.3.2 SRS检索工具81
4.3.3 DBGET/LinkDB检索工具81
4.4 数据库目录82
4.5 综合数据库83
4.6 DNA 序列和结构数据库85
4.7 RNA序列和核糖体数据库93
4.8 基因图谱数据库100
4.9 人类基因组有关数据库101
4.9.1 人类基因组测序中心103
4.9.2 人类基因组有关数据库106
4.10 其他物种基因组数据库114
4.10.1 原核生物基因组115
4.10.2 真菌基因组119
4.10.3 原生生物和线虫基因组121
4.10.4 昆虫基因组123
4.10.5 鱼类数据库125
4.10.6 齿齿动物基因组126
4.10.7 胞器数据库128
4.10.8 拟南芥基因组129
4.10.9 病毒数据库131
4.11 蛋白质序列数据库132
4.12 蛋白质结构、分类和相互作用数据库141
4.13 比较基因组学和蛋白质组学数据库154
4.14 基因表达数据库156
4.15 基因突变、病理和免疫数据库158
4.16 代谢途径和细胞调控数据库164
4.17 农林牧有关数据库166
4.17.1 农作物168
4.17.2 家畜、家禽和鱼类171
4.18 医学药学数据库173
4.19 生物多样性和分类学数据库174
4.20 文献检索、名词术语数据库175
第5章 算法177
5.1 概率和统计177
5.1.1 大数和有关公式178
5.1.2 频度、概率和“能量”180
5.1.3 离散随机变量及常用分布181
5.1.4 连续随机变量及常用分布183
5.1.5 Clarke-Carbon公式和Lander-Waterman曲线185
5.2 序列模型187
5.2.1 独立随机模型187
5.2.2 马尔可夫模型188
5.2.3 隐马尔可夫模型190
5.2.4 权重矩阵和代表序列191
5.2.5 正规表达式192
5.3 序列联配193
5.3.1 打分矩阵194
5.3.2 局域联配和整体联配198
5.3.3 半经验的直观算法199
5.4 构建亲缘树的方法200
5.4.1 距离和相异性201
5.4.2 亲缘树算法简介203
5.5 语言学方法204
5.6 动态规划207
5.7.2 后缀树算法208
5.7 其他算法208
5.7.1 神经网络208
5.7.3 聚类分析209
5.7.4 判别分析209
第6章 软件和网上服务211
6.1 软件和服务目录212
6.2 BLAST、FASTA和类似服务214
6.2.1 BLAST服务215
6.2.2 FASTA服务222
6.2.3 与BLAST和FASTA有关的后处理程序226
6.2.4 BLITZ服务227
6.2.5 其他序列搜索和联配服务228
6.3 多序列联配程序229
6.4 亲缘树的计算和图示231
6.5 与DNA测序和基因工程有关的软件234
6.6 DNA序列分析程序236
6.6.1 寻找基因的程序236
6.6.2 预测各种信号位点的程序243
6.6.3 其他DNA分析程序245
6.6.4 RNA分析预测程序249
6.7 蛋白质结构和功能预测250
6.8 显示蛋白质和核酸结构的程序257
6.9 大规模基因表达的数据库和算法258
6.10 细胞过程模拟261
6.11 向数据库提交序列的软件和服务262
6.12 商业性生物信息资源263
6.12.1 商业性软件263
6.12.2 一些公司网页264
6.13.1 网上论坛：BIOSCI新闻组266
6.13 其他网上生物医学信息资源266
6.13.2 网上医学信息资源267
6.13.3 网上期刊和出版社268
6.13.4 会议消息和会议文集270
6.13.5 讲义和课程272
6.13.6 一些有益的个人网页273
6.13.7 伦理、法律和社会影响274
6.14 生物信息资源的近期发展动向275
索引281