图书介绍
有机配体靶向端粒DNA G-四链体的分子模拟PDF|Epub|txt|kindle电子书版本下载
- 李锦莲著 著
- 出版社： 北京：化学工业出版社
- ISBN：9787122239266
- 出版时间：2015
- 标注页数：118页
- 文件大小：41MB
- 文件页数：127页
- 主题词：分子物理学－应用－药理学－研究
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图书目录
第1章 绪论1
1.1 DNA G-四链体简介1
1.1.1 小分子配体靶向DNA G-四链体的抗肿瘤作用机制3
1.1.2 DNA G-四链体末端堆积配体3
1.1.3 DNA G-四链体沟槽结合配体5
1.2 药物配体与生物大分子的相互作用及选择性5
1.2.1 药物配体与生物大分子的相互作用5
1.2.2 药物配体与生物大分子的选择性6
1.3 生物大分子计算机模拟方法7
1.3.1 生物大分子的构建——同源模建方法及应用7
1.3.2 分子对接方法及应用10
1.3.3 分子力学和分子动力学原理与应用14
参考文献21
第2章 配体与平行型DNA G-四链体沟槽相互作用的理论研究32
2.1 引言32
2.2 Dist-A二聚体与［d（TGGGGT）］4序列G-四链体的动力学模拟33
2.3 Dist-A二聚体与［d（GGGGGG）］4序列G-四链体复合物的动力学模拟35
2.4 三层连续G-四集体鸟嘌呤碱基的电子性质37
2.5 基于平行型DNA G-四链体沟槽的药物设计39
参考文献39
第3章 Dist-A及其衍生物与反平行型DNA G-四链体相互作用的分子动力学研究41
3.1 引言41
3.2 Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNA G-四链体的分子对接42
3.3 Dist-A及其衍生物B与反平行型端粒DNA G-四链体的动力学模拟44
3.3.1 动力学模拟体系44
3.3.2 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体宽沟槽方向上的动力学行为44
3.3.3 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体中沟槽方向上的动力学行为46
3.3.4 Dist-A及其衍生物B在反平行型端粒DNA G-四链体窄沟槽方向上的动力学行为49
3.3.5 配体在不同位点的结合对沟槽宽度的影响51
3.3.6 MM GBSA能量分析53
参考文献54
第4章 类固醇衍生物选择性识别端粒DNA G-四链体／B-DNA的分子动力学研究56
4.1 引言56
4.2 类固醇衍生物与杂化型端粒DNA G-四链体的分子对接57
4.3 SteroidFG与杂化型端粒DNA G-四链体复合物动力学模拟58
4.4 Steroid FG与B-DNA复合物动力学模拟59
4.5 MM_PBSA能量计算61
4.6 基于杂化型端粒DNA G-四链体沟槽的药物设计63
参考文献63
第5章 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子动力学研究65
5.1 引言65
5.2 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子对接65
5.2.1 配体的选择65
5.2.2 端粒DNA G-四链体的选择66
5.2.3 分子对接66
5.3 浙贝碱与端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟70
5.3.1 复合物动力学模拟体系及模拟时间70
5.3.2 浙贝碱／1NP9（1:1）复合物的动力学模拟71
5.3.3 浙贝碱／1NP9（2:1）复合物的动力学模拟72
5.3.4 浙贝碱／1KF1复合物的动力学模拟74
5.3.5 浙贝碱／143D复合物的动力学模拟76
5.3.6 G-四链体的沟槽结构对浙贝碱结合的影响77
5.3.7 G-四链体TTA环结构对浙贝碱结合的影响79
5.3.8 浙贝碱与端粒酶G-四链体的自由能80
第6章 螺旋烃M与高阶端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟研究82
6.1 引言82
6.2 螺旋烃M与不同高阶端粒DNA G-四链体的分子对接84
6.2.1 螺旋烃M分子结构84
6.2.2 分子对接结果84
6.3 高阶端粒DNA G-四链体的分子动力学模拟85
6.3.1 二阶端粒DNA G-四链体及其复合物的动力学模拟85
6.3.2 三阶端粒DNA G-四链体及其复合物的动力学模拟90
6.4 高阶端粒DNA G-四链体的PCA分析93
6.5 高阶端粒DNA G-四链体的均方根涨落值分析94
6.6 螺旋烃M对二重复单元端粒DNA G-四链体结构的影响96
6.7 螺旋烃M对三重复端粒DNA G-四链体结构的影响97
参考文献99
第7章 RNA适配子与NF-kB P50相互作用的分子动力学模拟研究101
7.1 引言101
7.2 29-nt RNA/P50复合物的分子动力学模拟102
7.2.1 29-nt RNA/P50复合物分子动力学模拟的轨迹稳定性102
7.2.2 复合物结构的波动性102
7.2.3 RNA和P50的静电势104
7.2.4 29-nt RNA与P50相互作用位点104
7.2.5 P50单体分子动力学模拟的轨迹稳定性106
7.2.6 P50单体结构的波动性106
7.2.7 29-nt RNA/P50复合物体系自由能107
7.3 自由29-nt RNA的构象动力学模拟108
7.3.1 自由29-nt RNA分子动力学模拟的轨迹稳定性108
7.3.2 自由29-nt RNA结构的波动性108
7.3.3 自由29-nt RNA分子动力学模拟构象109
7.3.4 自由29-nt RNA螺旋参数110
7.4 突变RNA的构象动力学模拟113
7.4.1 突变RNA分子动力学模拟轨迹的稳定性113
7.4.2 突变RNA结构的波动性113
7.4.3 突变RNA螺旋参数114
7.4.4 自由29-nt RNA和突变RNA的自由能116
参考文献117