基因组研究手册 基因组学、蛋白质组学、代谢组学、生物信息学、伦理学和法律问题PDF|Epub|txt|kindle电子书版本下载

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译者序3

前言3

参编者名单3

第一部分 关键的生物3

1 模式生物的基因组工程3

1.1 绪论3

1.2 特定模式原核生物的基因组工程4

1.3 真核模式生物的基因组计划17

1.4 总结30

参考文献32

2 环境基因组：研究未获培养微生物的新手段36

2.1 绪论：为什么需要用新的方法来研究微生物的基因组36

2.2 环境基因组学：方法学37

2.3 首试：海洋环境基因组学38

2.4 确定群体的环境基因组学：生物层和微生物层39

2.5 用环境基因组学研究土壤微生物40

2.6 生物技术方面42

2.7 总结和展望43

参考文献43

3 基因组学在植物学中的应用46

3.1 绪论46

3.2 植物基因组47

3.3 表达序列标签50

3.4 基于DNA芯片的基因表达谱51

3.5 蛋白质组学53

3.6 代谢物组学54

3.7 功能基因组学56

3.8 总结59

参考文献60

4 人类遗传疾病63

4.1 绪论63

4.2 遗传对人类健康的影响65

4.3 基因组和单基因缺陷65

4.4 基因组学和多基因疾病68

4.5 癌症的遗传基础71

4.6 心血管疾病的遗传学74

4.7 总结76

参考文献77

第二部分 基因组和蛋白质组技术77

5 基因组定位和定位克隆及其在植物科学中的应用85

5.1 绪论85

5.2 基因组作图85

5.3　定位克隆89

5.4　比较作图与定位克隆94

5.5　后基因组时代的遗传作图98

参考文献100

6　DNA测序技术106

6.1　绪论106

6.2　概观Sanger的双脱氧测序107

6.3　荧光染料化学107

6.4　DNA测序的生物化学113

6.5　荧光DNA测序仪器118

6.6　DNA序列分析126

6.7　力求成本为1000美元的基因组DNA测序法131

参考文献135

7　用于生物研究的蛋白质组学和质谱150

7.1　绪论150

7.2　蛋白质组学研究中样品的定义152

7.3　新的发展—临床蛋白质组学156

7.4　质谱—基本的蛋白质组学技术156

7.5　样品驱动的蛋白质组学进程162

7.6　总结170

参考文献170

8　利用毛细管电泳技术进行蛋白质组分析175

8.1　绪论175

8.2　毛细管电泳技术175

8.3　用于蛋白质分析的毛细管电泳178

8.4　单细胞分析181

8.5　二维分离182

8.6 总结183

参考文献184

9 面向实验室的DNA芯片制作策略185

9.1 绪论185

9.2 数据库189

9.3 高通量的DNA合成191

9.4 扩增子产生193

9.5 基因芯片194

9.6 检测和扫描芯片194

9.7 总结195

参考文献196

10 DNA微阵列的应用原理198

10.1 绪论198

10.2 定义199

10.3 阵列的类型199

10.4 阵列的产生199

10.5 阵列的检测201

10.6 数据分析208

10.7 微阵列的记录210

10.8 微阵列技术在肿瘤研究中的应用211

10.9 总结212

参考文献212

11 酵母双杂交技术216

11.1 绪论216

11.2 经典的酵母双杂交系统217

11.3 双杂交系统的变型217

11.4 膜酵母双杂交系统220

11.5 对双杂交结果的解释223

11.6 总结224

参考文献224

12 结构基因组学226

12.1 绪论226

12.2 蛋白质晶体学与结构基因组学226

12.3 NMR与结构基因组学233

12.4 总结239

参考文献240

第三部分 生物信息学247

13 DNA技术的生物信息学工具247

13.1 绪论247

13.2 比对方法247

13.3 序列比较方法253

13.4 一致法255

13.5 简单序列屏蔽256

13.6 罕见的序列构成256

13.7 重复鉴定257

13.8 序列模式的检测258

13.9 限制酶酶切位点和启动子共有序列262

13.10 EMBOSS的展望268

参考文献269

14 蛋白质组学技术中的软件工具270

14.1 绪论270

14.2 蛋白质鉴定270

14.3 蛋白质性质预测279

参考文献290

15 生物信息学在药物发现和研发中的应用295

15.1 绪论295

15.2 数据库295

15.3 药物靶标发现中的生物信息学303

15.4 化合物扫描和毒理基因组学的支持305

15.5 药物发展中的生物信息学310

15.6 总结314

参考文献315

16 通过图形的基因组数据表示法：MAGPIE/Bluejay系统320

16.1 绪论320

16.2 MAGPIE绘图系统321

16.3 分级的MAGPIE显示系统323

16.4 概观图像324

16.5 编码区显示326

16.6 编码序列功能显示330

16.7 二级基因组背景图像333

16.8 Bluejay数据可视系统337

16.9 Bluejay系统结构337

16.10 Bluejay显示和数据探测339

16.11 Bluejay实用性特征343

16.12 总结与讨论343

参考文献343

17 研究基因表达的生物信息学工具345

17.1 绪论345

17.2 背景知识和工具348

17.3 预处理349

17.4 分类比较—差异表达351

17.5 分类预测352

17.6 分类发现353

17.7 发掘意义354

参考文献356

18 蛋白质相互作用数据库358

18.1 绪论358

18.2 生物分子相互作用信息的科学基础358

18.3 相互作用数据库的图表抽象359

18.4 为什么考虑相互作用数据的整合359

18.5 对更加详细的抽象的需要360

18.6 相互作用数据库作为细胞CAD系统的框架361

18.7 生物分子相互作用网络数据库（The Biomolecular Interaction Network Database，BIND）361

18.8 其他分子相互作用数据库363

18.9 数据库标准363

18.10 用相互作用数据库来回答科学问题363

18.11 相互作用数据举例365

参考文献378

19 用于代谢途径的生物信息学方法383

19.1 绪论383

19.2 代谢路径的正规表示法384

19.3 数据库系统和整合385

19.4 不同的模型和方面393

19.5 模拟工具399

19.6 实例和讨论402

参考文献406

20 系统生物学409

20.1 绪论409

20.2 数据410

20.3 基本概念411

20.4　静态模型413

20.5　动态模型416

20.6　总结417

20.7　文献导读418

参考文献420

第四部分　伦理、法律和社会问题425

21　基因组研究和基因库的伦理学方面425

21.1　绪论425

21.2　遗传学研究的类型425

21.3　研究中的道德规范426

21.4　“遗传伦理学”428

21.5　建立DNA数据库430

21.6　所有权437

21.7　总结440

参考文献441

22　商业化的生物银行及其挑战446

22.1　绪论446

22.2　背景447

22.3　人群遗传学研究和公众的态度448

22.4　生物银行资源的商业化449

22.5　基因资源和知识产权：有什么样的利润？谁能够盈利451

22.6　人类遗传学资源和利益分享455

22.7　生物银行的商业化和责任管理457

22.8　总结459

参考文献460

23　（不）完美的人类—自身的创造者？生命之始的生物伦理和遗传学464

23.1　生命科学和不可侵犯的人类465

23.2　人及其神圣尊严的不可触碰性对生物伦理争议造成的影响466

23.3　总结468

参考文献469

第五部分　展望473

24　大规模生命科学研究的前景473

24.1　绪论473

24.2　硬件的进步473

24.3　基因组数据和数据处理476

24.4　新一代的基因组研究实验室478

24.5 未来的基因组计划480

24.6 结束语481

中文索引482